Historia:
Jeremy Bellpoix es un alumno de 13 años superdotado que estudia en el colegio interno Kadic, que, un día, mientras buscaba piezas para sus robots en la vieja fábrica abandonada cerca del colegio, descubre un complejo informático con tres escáneres, un panel de control enorme y un superordenador. Después de pensárselo, decide encenderlo. Al ir al panel de control y encenderlo, ve a una chica de cabello rosa en medio de la pantalla. Al no saber su nombre, deciden, entre los dos, que ella se llama Maya. Descubren que ella se encuentra en un mundo virtual llamado Lyoko. Jeremy vuelve a su habitación y, cuando llega, un símbolo que también ha visto en una especie de monstruos que Maya ha encontrado en Lyoko, aparece en su pantalla. De inmediato, todos sus robots comienzan a atacarle. Ulrich Stern, otro alumno de su mismo curso, que había salido de su habitación porque el perro de su compañero Odd Della Robbia, Kiwi, ha mordido, destrozado y orinado en su cama, pasa por delante de la puerta de la habitación de Jeremy y oye los gritos de auxilio. Ulrich entra y, dando una patada a uno de los robots, el ataque cesa. Jeremy ve que tiene que explicárselo todo a Ulrich, y le enseña el superordenador. Al principio, Ulrich se muestra incrédulo, pero cuando Jeremy dice que necesita un cobaya para intentar virtualizarlo en Lyoko utilizando los escáneres, Ulrich lo ve claro: Kiwi. Vuelve a su habitación, pero justo cuando está cogiendo a Kiwi, su móvil suena y Odd se despierta y empieza a perseguirlo. Empiezan a correr, y cuando odd gira una esquina después de Ulrich, se tropieza con Sissy, la hija del director, que está enamorada de Ulrich, y se une a la persecución. Ulrich deposita a Kiwi en un escáner, y cuando Jeremy va a virtualizarlo, Odd llega y coge en brazos al perro, quien salta fuera del escáner justo cuando éste se cierra. Odd es virtualizado, y como Jeremy no sabe cómo sacarlo de ahí, le pide a Ulrich que vaya. Ulrich también va a Lyoko, y mientras Ulrich y Odd están dentro, los cables de la fábrica se alzan y atacan a Jeremy. Los monstruos de Lyoko desvirtualizan a Odd y Ulrich y, entre los dos, consiguen neutralizar el ataque. Después de eso, Jeremy y Maya averiguan ciertas cosas sobre los ataques. Todos ellos son maquinados por XANA, un virus que, activando a su favor las torres de Lyoko (una puerta entre el mundo virtual y la Tierra) puede acceder a nuestro mundo.
Al día siguiente, XANA les envía una bola de energía. Jeremy llama a Ulrich cuando está practicando el Pencak Silat (un arte marcial) con Yumi Ishiyama, y ésta lo oye todo y decide ir con él. Ulrich acepta, y Yumi también es virtualizada en Lyoko. esta vez, Maya consigue desactivar la torre, donde conoce su verdadero nombre: Aelita. Jeremy le promete que logrará materializarla.
Primera temporada: Muy repetitiva, ya que casi todos los capítulos son iguales: XANA lanza un ataque, desactivan la torre y lanzan un retorno en el tiempo. En algunos capítulos, Jeremy avanza en la materialización de Aelita. En el episodio #25: Clave Tierra, Jeremy logra materializarla. Pero cuando apagan el superordenador, Aelita se desmaya. Cuando Jeremy la escanea, se da cuenta de que XANA le ha implantado un virus por culpa del cual no podrán apagar el superordenador. El próximo objetivo es buscar el antivirus.
Segunda temporada: Los gráficos de Lyoko y del mundo real mejoran. Se descubre un nuevo territorio: Cártago o el quinto territorio (los otros son el hielo, el desierto, el bosque y la montaña). Es el sector donde vive XANA: desde allí pueden acceder a toda la información que quieran. Descubren también un personaje llamado Franz Hopper que parece tener alguna relación con Lyoko. Aparece la Scyphozoa, un monstruo de XANA cuyo objetivo es robar la memoria de Aelita. En esta temporada, Odd tiene un skate que flota, el Overboard, Ulrich una moto de una rueda, el Overbike, y Yumi un scooter flotante, el Overwing.
En el capítulo #52: La llave, Jeremy cree que ha encontrado la solución del problema del antivirus de Aelita en el quinto territorio, pero resulta ser una trampa y la Scyphozoa se apodera finalmente de la memoria de Aelita. Ahora, pueden apagar el superordenador, pero XANA seguirá vivo. Hay una revelación casi al final de la temporada: Franz Hopper, creador de Lyoko y de XANA, es también el padre de Aelita.
Tercera temporada: Ahora que XANA es libre, va intentar destruir Lyoko y el superordenador. Se descubre una nueva sala en Cártago: la sala del corazón de Lyoko (#53: Directo al corazón), donde se encuentra el núcleo de Lyoko; si éste es destruido, Lyoko desaparecerá. La Scyphozoa reaparece, no para robar la memoria de Aelita, que ya posee, si no para controlarla y utilizarla para destruir los territorios de Lyoko. Primero el bosque, el desierto, el hielo (éste voluntariamente para reparar un mal funcionamiento del superordenador) y la montaña. Justo cuando parece que no hay manera de llegar al quinto territorio y proteger el corazón de Lyoko ya que no hay otro territorio, reciben un mensaje de Franz Hopper con el programa de virtualización directa en Cártago. Para resistir el embate de XANA, aceptan a William Dunbar, otro pretendiente de Yumi, en la banda. Resulta ser un error, pues es xanatificado por la Scyphozoa y destruye el corazón de Lyoko. (#65: La batalla final).
Cuarta temporada: Parece que Lyoko no está perdido del todo. Jeremy y Aelita recrean Cártago, y después los otros territorios. También mejoran los trajes de Lyoko. William sigue controlado por XANA, quien no necesita activar ninguna torre para mantener el control. Para explorar el mar digital, Aelita y Jeremy crean un submarino, el Skidbladnir. Durante su (#71: Viaje inaugural), descubren que XANA ha recreado sectores de Lyoko utilizando otros superordenadores en el mundo, llamados Réplicas. Jeremy encuentra un programa para virtualizarse en la Tierra, cerca del superordenador infectado. Pero se dan cuenta de que hay demasiadas Réplicas para destruirlas todas. Deciden cambiar de táctica, y Jeremy encuentra dos programas: el primero para devolver a William y el segundo para eliminar a XANA. En el episodio #93: Vuelta a la Tierra, logran traer de vuelta a William, pero en su contra, pierden el Skidbladnir. Para poder vencer a XANA, Franz Hopper se sacrifica. El programa destruye todos los superordenadores de XANA y sus monstruos. (#94: Luchar hasta el final). Han ganado. El último episodio, #95: Ecos del pasado, es una recopilación de los mejores momentos de cada uno.
Quinta temporada: Por confirmar. Entrad a codelyokosaison5.fr y votad!
Al día siguiente, XANA les envía una bola de energía. Jeremy llama a Ulrich cuando está practicando el Pencak Silat (un arte marcial) con Yumi Ishiyama, y ésta lo oye todo y decide ir con él. Ulrich acepta, y Yumi también es virtualizada en Lyoko. esta vez, Maya consigue desactivar la torre, donde conoce su verdadero nombre: Aelita. Jeremy le promete que logrará materializarla.
Primera temporada: Muy repetitiva, ya que casi todos los capítulos son iguales: XANA lanza un ataque, desactivan la torre y lanzan un retorno en el tiempo. En algunos capítulos, Jeremy avanza en la materialización de Aelita. En el episodio #25: Clave Tierra, Jeremy logra materializarla. Pero cuando apagan el superordenador, Aelita se desmaya. Cuando Jeremy la escanea, se da cuenta de que XANA le ha implantado un virus por culpa del cual no podrán apagar el superordenador. El próximo objetivo es buscar el antivirus.
Segunda temporada: Los gráficos de Lyoko y del mundo real mejoran. Se descubre un nuevo territorio: Cártago o el quinto territorio (los otros son el hielo, el desierto, el bosque y la montaña). Es el sector donde vive XANA: desde allí pueden acceder a toda la información que quieran. Descubren también un personaje llamado Franz Hopper que parece tener alguna relación con Lyoko. Aparece la Scyphozoa, un monstruo de XANA cuyo objetivo es robar la memoria de Aelita. En esta temporada, Odd tiene un skate que flota, el Overboard, Ulrich una moto de una rueda, el Overbike, y Yumi un scooter flotante, el Overwing.
En el capítulo #52: La llave, Jeremy cree que ha encontrado la solución del problema del antivirus de Aelita en el quinto territorio, pero resulta ser una trampa y la Scyphozoa se apodera finalmente de la memoria de Aelita. Ahora, pueden apagar el superordenador, pero XANA seguirá vivo. Hay una revelación casi al final de la temporada: Franz Hopper, creador de Lyoko y de XANA, es también el padre de Aelita.
Tercera temporada: Ahora que XANA es libre, va intentar destruir Lyoko y el superordenador. Se descubre una nueva sala en Cártago: la sala del corazón de Lyoko (#53: Directo al corazón), donde se encuentra el núcleo de Lyoko; si éste es destruido, Lyoko desaparecerá. La Scyphozoa reaparece, no para robar la memoria de Aelita, que ya posee, si no para controlarla y utilizarla para destruir los territorios de Lyoko. Primero el bosque, el desierto, el hielo (éste voluntariamente para reparar un mal funcionamiento del superordenador) y la montaña. Justo cuando parece que no hay manera de llegar al quinto territorio y proteger el corazón de Lyoko ya que no hay otro territorio, reciben un mensaje de Franz Hopper con el programa de virtualización directa en Cártago. Para resistir el embate de XANA, aceptan a William Dunbar, otro pretendiente de Yumi, en la banda. Resulta ser un error, pues es xanatificado por la Scyphozoa y destruye el corazón de Lyoko. (#65: La batalla final).
Cuarta temporada: Parece que Lyoko no está perdido del todo. Jeremy y Aelita recrean Cártago, y después los otros territorios. También mejoran los trajes de Lyoko. William sigue controlado por XANA, quien no necesita activar ninguna torre para mantener el control. Para explorar el mar digital, Aelita y Jeremy crean un submarino, el Skidbladnir. Durante su (#71: Viaje inaugural), descubren que XANA ha recreado sectores de Lyoko utilizando otros superordenadores en el mundo, llamados Réplicas. Jeremy encuentra un programa para virtualizarse en la Tierra, cerca del superordenador infectado. Pero se dan cuenta de que hay demasiadas Réplicas para destruirlas todas. Deciden cambiar de táctica, y Jeremy encuentra dos programas: el primero para devolver a William y el segundo para eliminar a XANA. En el episodio #93: Vuelta a la Tierra, logran traer de vuelta a William, pero en su contra, pierden el Skidbladnir. Para poder vencer a XANA, Franz Hopper se sacrifica. El programa destruye todos los superordenadores de XANA y sus monstruos. (#94: Luchar hasta el final). Han ganado. El último episodio, #95: Ecos del pasado, es una recopilación de los mejores momentos de cada uno.
Quinta temporada: Por confirmar. Entrad a codelyokosaison5.fr y votad!
Monstruos:
Bloques: Cubos que tienen armadura en todo el cuerpo menos en el sitio por donde disparan, el ojo de XANA.
Cucarachas: Muy pequeños y poco potentes, pero van en grupos grandes y disparan muchas veces.
Zancudos: Sólo se los ve en Cártago. Disparan por la boca y son muy débiles, pero lo compensan viniendo de a muchos.
Avispones: Vuelan en grupos medianos pero muy rápidamente. Se los ve sobre todo en la montaña.
Cangrejos: Parecen auténticos cangrejos pero con cuatro patas y sin pinzas. Tienen el ojo de XANA arriba.
Megatanques: Esferas metálicas que disparan una onda expansiva. El ojo de XANA está en su interior bien protegido.
Scyphozoa: Medusa que, con sus tentáculos, ataca a Aelita para controlarla o robarle la memoria. Asimismo, en el episodio #76: El lago, ataca al al Skid para destrtuir sus escudos.
Tarántulas: Con diferencia, las más difíciles de matar. Tienen el ojo de XANA en su cabeza, y disparan con dos cañones en sus brazos.
Coloso: Monstruo gigante que tiene dos ojos de XANA: uno en la frente, que lo inmobiliza, y otro en uno de sus brazos, el que tiene forma de espada.
Cucarachas: Muy pequeños y poco potentes, pero van en grupos grandes y disparan muchas veces.
Zancudos: Sólo se los ve en Cártago. Disparan por la boca y son muy débiles, pero lo compensan viniendo de a muchos.
Avispones: Vuelan en grupos medianos pero muy rápidamente. Se los ve sobre todo en la montaña.
Cangrejos: Parecen auténticos cangrejos pero con cuatro patas y sin pinzas. Tienen el ojo de XANA arriba.
Megatanques: Esferas metálicas que disparan una onda expansiva. El ojo de XANA está en su interior bien protegido.
Scyphozoa: Medusa que, con sus tentáculos, ataca a Aelita para controlarla o robarle la memoria. Asimismo, en el episodio #76: El lago, ataca al al Skid para destrtuir sus escudos.
Tarántulas: Con diferencia, las más difíciles de matar. Tienen el ojo de XANA en su cabeza, y disparan con dos cañones en sus brazos.
Coloso: Monstruo gigante que tiene dos ojos de XANA: uno en la frente, que lo inmobiliza, y otro en uno de sus brazos, el que tiene forma de espada.